קיום מצווה נדירה היא זכות בפני עצמה, כי הלומד תורה לשמה זוכה לדברים הרבה.(אבות ו, א) ופירש רש"י שדברים הרבה זה כל המצוות. ונמצא שצריך דרגה כדי לזכות לקיים מצוות נדירות. ובענין מצוות שאינו נוהגות באופן קבוע האריכו רבים מן האחרונים לבאר מעלתם.
מלבד זאת מבואר בחז"ל שכל מצווה היא כנגד איבר אחר, וידוע מהסטייפלער (אורחות רבינו והובא באורחות יושר) שהיה רודף לקיים מצוות נדירות כדי שכל אבריו יעמדו לתחיית המתים. ואין אנו יודעים שכר מצוה, אך עלינו להודות על עצם הזכות לקיים רצון נוסף שגילה לנו הקב"ה בתורתו.
אך בל נשכח את להט קודשו של מרן החזון איש, שמסר נפשו על כינון מצוות השמיטה בארץ ישראל, באומרו, שמלבד העובדה שהמצווה נדירה, היא לא זכתה להתקיים אלפי שנים! ורק בדור אחרון זכינו שנסללה הדרך המעשית לקיום מצווה זו.
אמנם הנסיון מעיד, שמצוות נדירות זוכות לתשומת לב גדולה יותר, מחמת ואינן באות דרך שגרה, ועל כן הם נעשות מתוך התלהבות ושמחה. וראה ברש"ר הירש (פנחס כה, כג) שחידש על פי זה מדוע הייתה התורה צריכה לגלות שתדיר ואינו תדיר, תדיר קודם. ובכך גילתה התורה את קדימות המצוות, שיש להקדים דווקא את הקבוע והנפוץ, על פני הנדיר והנחשק. הא יש לנו עדות מן התורה על יקרם של המצוות הנדירות.