מלאכה זו הינה פעולה הנועדה לסלק את המזיקים הנטפלים לגידולי הקרקע. יש הסוברים שנעשית באמצעות סיכת הגזעים והענפים בשמן שריחו רע (ר"מ שביעית ב, ד) ויש הסוברים שעניינה קשירת זבל בפצעים הנולדים בגזע. (ר"ש שם) שיטה נוספת הובאה בראשונים הסוברת שמלאכה זו הינה השקייה של מים וזבל למרגלות האילן (ר"ח עבודה זרה נ:)
תוצאת הזיהום הינה סילוק התולעין השוכנים על האילן, ולהרחיק אותם ממנו מכאן ואילך. מלאכה זו מועילה בכל שלבי האילן. (ר"ש ור"מ בפירוש המשניות) אך יש שכתבו שפעולה זו מועילה רק בשלב הנטיעה שגזעה רך, וזיהום הגזע נועד להרחיק עופות המזיקים לה (ר"מ שמו"י א, ה)
מלאכת הזיהום כוללת שני מיני פעולות, יש זיהום הבא להחזיק את האילן שלא יפסד, ואין בה תועלת חיובית (ירושלמי פ"ב ה"ג). ובאופן זה מותר לעשותה גם בשביעית עצמה. (ע"ז נ:) אך ישנה פעולה זהה שמטרתה להשביח את הגידול. והיא מותרת רק עד ראש השנה.
להלכה פסק הרמב"ם (א, ה) שבזמן ששביעית נוהגת אסור לזהם בשביעית אף באופן שבא להציל את האילן מהפסד. ומבואר שהיא חמורה יותר משאר מלאכות שמותרות באופן שאין בהם ריווח והשבחה.
בחומרת מלאכת הזיהום מצאנו כמה טעמים: יש האומרים שהיא מלאכה הנעשית בגוף האילן, בשונה ממלאכות רבות כגון העישון שהיו נעשות בריחוק. (תוס יו"ט שביעית שם וחזו"א סי' כ סק"ה) יש הסוברים שמלאכת זיהום חמורה יותר משום שהיא נועדה להועיל לאילן עצמו ולא לפירותיו (רש"ש שביעית שם) יש הסוברים שמלאכה זו חמורה יותר משום שהיא נראית כמלאכה ולכך יש לאוסרה (חזו"א סי' יז סקי"ט) ואחרים סוברים שמלאכת הזיהום הינה מלאכה תמידית וקבועה שנה בשנה ולכך חמורה יותר (זיו הים ירושלמי פ"ב ה"ב סק"ה)